Колоноскопия имеет ряд противопоказаний. Абсолютными считаются острые состояния — инфаркт, инсульт, перитонит, тяжелые формы ОРВИ или инфекционных заболеваний, перенесённые менее двух недель назад. К относительным противопоказаниям относятся беременность, выраженная сердечная или легочная недостаточность в стадии декомпенсации, а также тяжелые психические расстройства. В экстренных ситуациях, угрожающих жизни пациента, исследование может проводиться по жизненным показаниям.